TA 100X

T7

T7 100X

T6

T6 100X

T2a 100X

T10a º1

“Identificación molecular de especies del género fúngico Trichoderma y desarrollo de un marcador molecular específico.” (Haz clíck para ir al documento)

Algunas especies del género Trichoderma establecen interacciones biológicas con diversos micro y macroorganismos (hongos, plantas, animales, etc.). Algunas de estas interacciones tienen un gran potencial en aplicaciones biotecnológicas, como por ejemplo en biocontrol y debido a la producción de enzimas celulolíticas y quitinolíticas, entre otras posibilidades. Para su aplicación en soluciones biotecnológicas, es importante hacer una buena identificación del agente biológico y específicamente de la cepa de interés, de esta manera es posible relacionar sus características fenotípicas con un perfil genético basado en marcadores moleculares que permitan hacer un seguimiento del agente biológico durante todas las etapas del proceso de producción y aplicación. En este sentido, el objetivo general del trabajo fue identificar, mediante un perfil genético un conjunto de cepas nativas del género Trichoderma y desarrollar un marcador molecular específico del tipo SCAR (Sequence-Characterized Amplified Region) para la caracterización de las especies.

Para la identificación de los aislados se secuenciaron las regiones intergénicas de los genes que codifican para los RNA ribosomales (ITS1 e ITS2) en 29 muestras de hongos filamentosos aislados desde distintos orígenes: 14 de ellas fueron obtenidos desde muestras ambientales de 4 localidades del sur de Chile, 7 fueron obtenidas desde un producto comercial y 8 muestras de DNA proporcionadas desde una colección privada de T. harzianum. Para determinar su identidad hasta el nivel de especies, las secuencias obtenidas fueron analizadas mediante las herramientas de DNA barcode (www.isth.info). De las muestras analizadas 22 de ellas fueron identificadas como aislados correspondientes al género Trichoderma. Las 7 secuencias provenientes del producto comercial se analizaron mediante BLAST y se identificaron como pertenecientes a los géneros Monascus y Penicillium. Las relaciones entre las cepas se determinaron mediante el software MEGA4.

Para el desarrollo del marcador SCAR, se evaluaron 16 partidores RAPD de 10 mer, de los cuales solo 6 partidores generaron amplicones reproducibles, de éstos se seleccionó uno de los partidores, el cual entregó un patrón de amplicones polimórficos entre los aislados analizados. En particular, este partidor generó una banda común, presente solo en las cepas de la especie Trichoderma harzianum. A partir de este amplicón, se diseñó un marcador molecular de tipo SCAR específico para esta especie. La capacidad de discriminación del marcador SCAR fue evaluada con 14 muestras de T. harzianum y con otras cepas de distintas especies fúngicas. El marcador permitió distinguir todas las cepas de Trichoderma harzianum, proporcionando perfiles genéticos distinguibles cuando se compararon con otras especies de los géneros Trichoderma, Penicillium, Aspergillus, Davidiella, Paecilomyces, Monascus y una mezcla de especies provenientes de compost.

Finalmente, se usaron los patrones RAPD para evaluar el grado de polimorfismo de las cepas de Trichoderma estudiadas y se contrastaron estos resultados con los obtenidos mediante el análisis de los fragmentos ITS1 e ITS2, lo que resulto en una buena correlación de los resultados.